A macedóniai albánok képviselői mellett az anyaországi albánok is tiltakoztak a tudományos ismerettár egyes kitételei ellen. Az akadémia döntése értelmében az enciklopédia kifogásolt adatait ki kell javítani.
A kiadványban egyebek közt az áll, hogy az albán népcsoport a XVI. században erőszakosan terjeszkedett a mai Macedónia térségében, kiszorítva onnan a szláv népességet. Az albánok magukat bizonyos illír törzsek leszármazottainak tartják, akik még az ókorban népesítették be a mai Albánia területét.

A kormánykoalícióhoz tartozó, Ali Ahmeti vezette Demokratikus Unió az Integrációért (DUI) és más albán pártok rossz néven vették az enciklopédia szerzőitől az albánok siptárokként való említését is, mivel ehhez a szóhoz a macedón nyelvben negatív képzetek társulnak.

A DUI kifogásolja emellett a lexikon Ahmetiről szóló szócikkét, amely szerint az egykori koszovói gerillaparancsnok a gyanú szerint háborús bűnöket követett el az albán szélsőségesek és a macedón biztonsági erők 2001-ben vívott több hónapos összecsapásai során.

A Macedón Tudományos Akadémia vezetése azután döntött a mű visszavonása mellett, hogy a nemzeti konzervatív miniszterelnök, Nikola Gruevski a koalíciós partner Ali Ahmetivel közösen írt levélben szólította fel az akadémiát: találjon megoldást a vitatott kérdésekre.